Núcleo de Pós-graduação e Pesquisa (NPP) é o órgão responsável pela elaboração e administração dos diferentes programas institucionais de expansão e apoio à pesquisa, dentre eles a iniciação científica, a capacitação docente, o apoio à participação em eventos científicos, o estabelecimento de grupos de pesquisa, as publicações dos artigos produzidos e o apoio aos coordenadores de curso no desenvolver das linhas de pesquisa. O NPP também é responsável pela coordenação geral dos trabalhos de conclusão de curso (TCC), com o intuito de prover infraestrutura e suporte para qualificação e defesa dos trabalhos, incentivar a continuidade das pesquisas e divulgar esse material no âmbito Faculdade Novo Milênio e da comunidade acadêmica. Além disso, o NPP também busca continuamente a melhoria dos processos e da qualidade dos trabalhos acadêmicos.